建初元年（公元76年），大汉的兵戈之声先是响彻西域。酒泉太守段彭奉诏率领精锐之师出征车师国，大军西出玉门，穿越戈壁荒漠，一路势如破竹。车师军队虽负隅顽抗，却终究抵挡不住汉军的雷霆攻势，段彭指挥有方，将士们奋勇争先，一场激战过后，车师大败，西域的局势暂时得以稳定。

然而，边陲的烽烟未熄，内地的祸乱已生。二月，武陵郡澧水流域的蛮族部落不堪徭役重负，聚众反叛，他们占据山林险要，袭扰郡县，劫掠百姓，武陵一带顿时陷入动荡。汉章帝急调附近郡兵前往平叛，一时间，武陵群山之间，兵戈相向，战火连绵。

三月的中原大地，又一次被灾异的阴影笼罩。山阳、东平二地骤然发生强烈地震，屋舍倾颓，地裂山崩，百姓伤亡无数。地震的消息传入洛阳，汉章帝痛心疾首。他认为天灾降临，乃是上天对帝王执政得失的警示，遂效仿先贤，颁下罪己诏，深刻自省执政之过。诏书之中，他坦言自己“德薄才疏，未能庇佑子民”，下令减免灾区赋税，开仓赈济，并罢黜宫中冗余之费，以示改过自新之意。

同年九月，西南边陲亦燃起烽火。云南永昌郡的哀牢夷部落，凭借山高路远的地理优势，起兵反叛大汉，他们攻打郡县，杀害官吏，永昌一带的统治秩序被彻底打乱。汉章帝当即下令，调遣永昌、越巂、益州三郡的驻军合力围剿。这场平叛之战旷日持久，一直持续到次年，汉军才凭借兵力与战术优势，彻底击溃叛军，平定了西南之乱。

十月，武陵郡的平叛战事也传来捷报。朝廷派遣的武陵郡兵，历经数月苦战，终于大破蛮兵，叛军或降或散，武陵的动荡局面得以平息。十一月，朝堂之上又生波澜，阜陵王刘延心怀异志，暗中勾结党羽，意图谋反。此事被朝廷察觉，汉章帝念及宗室血脉，不忍施以极刑，最终下诏将其贬为阜陵侯，削夺其封国，以儆效尤。

建初二年（公元77年）六月，西北的烧当羌部落突然反叛，他们策马南下，劫掠凉州郡县，边境百姓深受其害。金城太守郝崇闻讯，即刻率领郡兵前往征讨，奈何羌兵剽悍善战，且熟悉地形，郝崇的军队寡不敌众，最终大败而归。羌兵乘胜追击，一路进逼至汉阳郡，西北边境的警报再次传入洛阳。

八月，汉章帝决意彻底平定羌乱，遂任命马防为行车骑将军，统领数万大军西征。马防治军严明，深谙兵法，率领汉军日夜兼程，奔赴西北战场。次年四月，汉军与烧当羌主力在临洮展开决战，马防身先士卒，将士们奋勇冲杀，羌兵大败而逃，临洮一战，汉军大获全胜，西北的局势转危为安。十二月，汉章帝论功行赏，正式册封马防为车骑将军，以表彰其平叛之功。

建初三年（公元78年）三月，洛阳宫中一派喜庆祥和，汉章帝颁下诏书，册立贵人窦氏为皇后。册后大典隆重举行，宫阙之内鼓乐喧天，文武百官纷纷入朝庆贺。为了与民同乐，汉章帝大赦天下，对文武百官大加赐爵，同时向天下百姓分发粮食，让黎民苍生也能共享这份喜悦。

建初四年（公元79年）四月，皇储之位尘埃落定，汉章帝册立皇子刘庆为皇太子。喜讯传出，朝野同欢，汉章帝再度下诏赏赐臣民，上至王公大臣，下至贩夫走卒，皆能分得一份恩泽。

五月，朝堂之上的人事格局迎来变动。车骑将军马防被罢免职务，司徒鲍昱则被擢升为太尉，南阳太守桓虞入朝接任司徒之职。此番人事调整，彰显了汉章帝整顿吏治、权衡朝局的决心。

然而，喜庆的氛围并未持续太久。六月，辅佐汉章帝多年的皇太后马氏与世长辞。这位以贤德闻名的太后，一生勤俭持家，匡扶朝政，深受朝野敬重。太后驾崩的消息传出，满朝文武悲痛不已，汉章帝更是悲痛欲绝，为母亲服丧尽孝。七月，汉章帝追谥马氏为明德皇后，以感念其一生的贤德与功绩。